公司在上海崇明、金山及湖北武汉均建有育种基地，核心种猪群规模达 6000 头。2011年和2013年分别从加拿大托佩克国际有限公司、法国 NUCLEUS S.A.S 引进优质大白、长白原种猪群，在上海崇明岛建立了新农首个原种猪场。2018年引进 CG 杜洛克原种猪群，建立金山育种基地。2020年在建成投产武汉新洲育种基地，引入丹系大白与长白原种猪，组建丹系种猪核心育种群，猪群规模达 2000 头。2021年引入上海本土品种枫泾猪，并获得上海市科技兴农项目立项支持，进行枫泾猪保种及优质猪肉新品种培育等相关工作。

       公司董事长杨瑞生先生十分重视育种工作，自2011年起将育种能力定位公司三大核心能力之一。在育种方面与中国农业科学院北京畜牧兽医研究所建立长期产学研合作，在常规选育基础上，增加健仔数进行选育，并持续获得每年 0.1 -  0.2 头健仔数提升的进展。

       在疾病净化、饲料营养等方面先后与华中农业大学、农科院上海兽医研究所、上海市农科院等院校建立长期合作，先后获得动物疫病净化创建场、“无疫小区”等称号。

       在育种技术方面，除了采用传统的常规育种技术，2017年加入国家全基因组选择技术单位，2018年开始对大白、长白和杜洛克全面采用基因组选育技术，建立了全性状基因组选择参考群 3856 头，并且自主开发了基因 SSGBLUP 的基因组指数自动计算平台，根据芯片结果定期更新基因组指数。

       在育种硬件与软件方面，公司配备了先进的种猪测定设备，拥有背膘测定仪器，奥斯本笼秤、全自动测定设备等，并先后采用了 Herdsman 育种软件、KFNets 育种软件结合公司自主研发的新农+数据管理平台、基因组指数自动计算平台等，为育种工作顺利进行提供保障。